La biophotonique désigne toutes les applications qui traitent de l'interaction de la lumière avec les tissus organiques ou qui utilisent cette interaction. Les applications importantes dans ce domaine sont l'imagerie biomédicale et la médecine par laser.
La biophotonique peut être approximativement divisée en deux domaines. Le principal domaine est constitué des techniques d'imagerie où on exploite par exemple la fluorescence des biomarqueurs pour atteindre la plus haute résolution possible avec la microscopie à balayage laser. Cela inclut, par exemple, la microscopie confocale ou la microscopie multi photonique.
Le deuxième domaine utilise la lumière comme un outil. Les pinces optiques peuvent être utilisées pour tenir et déplacer avec précision les plus petites cellules. En optogénétique, cependant, la lumière est utilisée pour contrôler l'activité cellulaire, ce qui fournit de nombreuses informations sur la fonctionnalité des circuits neuronaux de notre cerveau. La chirurgie bénéficie également de la des avancées de la photonique. Grâce aux lasers femtoseconde à haute énergie d'impulsion utilisés comme scalpels laser, des incisions peu invasives sont possibles, notamment en ophtalmologie.
